Akademia Shkupi është alternative plotësuese e sistmit arsimor formal dhe synon që përmes njerëzve të kompletuar me profesionalizëm dhe vlera morale të orientuar kah e mira, e vërteta dhe e bukura ti njohin problemet dhe të ofron zhgjidhje ndaj krizave të krijuara në venet tona. Këtë mundësi shoqërisë ja ofrojnë vetëm veprimet e njerëzve të cilët janë të formuar nga dija, morali, vlera dhe kompetenca.

Prandaj, Akademia Shkupi ofron një perspektivë të përgjithëshme mbi Botën, Qytetet dhe Shoqëritë e Ballkanit. Këtë synim tenton ta arrijë duke marrë për bazë shkencat shoqërore me një pikëpamje interdisiplinare, duke filluar nga dëgjimi(seminaret), leximi(debatet e librit) dhe shkrimi(raporte dhe analiza).

Akademia Shkupi me aktivitete e saja si seminaret, debate të librit, panele, udhëzimeve akademike, simpoziume është e orientuar kah studentët universitarë dhe ato pos-univerzitarë.